V katedrále jsou instalovány dvoje varhany. Malé postavili bratři Riegrové ve třicátých letech 20. století a slouží dodnes. Velké postavil Jan Tuček v letech 1938–1939. Složitá pneumatická traktura byla značně poruchová a přes časté opravy sloužil nástroj vždy jen několik let a poté musel být odstaven. V červnu 1995 se naskytla příležitost koupit velké píšťalové varhany z Německa postavené v roce 1959 německou firmou Fúhrer. Ty měly celkem 42 znějících rejstříků (z toho 10 rejstříků jazykových), tři manuály a zásuvkovou mechanickou trakturu. Z hodnoty varhan 250 000 marek muselo biskupství zaplatit jen desetinu. Krnovský varhanář Václav Smolka z nich v září 1998 sestavil nové varhany. Původní cena projektu byla odhadnuta 1 350 000 Kč, konečná částka činila 2 240 000 Kč. Dalších 560 000 Kč stály ostatní náklady, jako dovoz varhan, úpravy kůru aj.